L’IMFT, c’est une longue histoire indissociable de l’essor technologique de Midi-Pyrénées. Elle a commencé en 1913 avec l’aménagement hydroélectrique des Pyrénées et le développement de l’industrie aéronautique. Les premières recherches en hydraulique ont été entreprises à l’Institut d’Electrotechnique et de Mécanique Appliquée, situé sur l’actuel site de l’ENSEEIHT. A cette époque, Charles CAMICHEL se faisait remarquer par ses études sur les surpressions et « coups de bélier » dans les conduites forcées.
C’est en 1920 que le Laboratoire de Recherches Hydrauliques a été créé près de la chaussée de Banlève, dans l’île du Ramier entre les deux bras de la Garonne. C’est le début des études sur modèles réduits. En 1925, il n’existait toujours pas de bâtiment mais six personnes y travaillaient. C’est à cette époque que fut construit le Grand Canal rectiligne de 4 mètres de profondeur qui relie les deux bras du fleuve.
En 1936, la vocation du laboratoire dans le domaine de l’aéronautique a commencé à s’affirmer avec la construction de la Grande Soufflerie. Elle était construite à l’air libre et n’a été recouverte qu’en 1938. Elle fait partie maintenant du Patrimoine National des Monuments Historiques.