Soutenance de thèse Perrine Giunchi

Lundi 4 mai à 14 h 30   – Amphithéâtre Nougaro

Les environnements biologiques comme l’intestin présentent des gradients d’oxygène structurant les interactions microbiennes, et dont la dérégulation peut favoriser des processus impliqués dans la pathogénicité. Dans ce contexte, la production de colibactine par certaines souches d’E. coli, une génotoxine impliquée dans le cancer colorectal, est modulée par l’oxygène.

Cette thèse s’intéresse à l’influence de ces gradients sur le comportement bactérien et l’activation de la production de colibactine. Pour cela, nous avons développé une puce microfluidique permettant de générer des gradients d’oxygène contrôlés et d’observer en temps réel le comportement bactérien à l’échelle des micro-colonies.

Les résultats mettent en évidence une régulation de l’expression d’un gène de synthèse de la colibactine dépendante de l’oxygène, ainsi qu’une forte hétérogénéité entre micro-colonies. Ils suggèrent également un rôle des gradients locaux et de l’organisation des colonies dans cette régulation.

Ce travail apporte ainsi de nouveaux outils expérimentaux pour l’étude de l’influence de l’environnement sur l’expression des gènes bactériens et met en lumière l’importance des gradients d’oxygène dans la structuration des communautés bactériennes et dans les processus associés à la pathogénicité.

Thèse dirigée par
Jean-Philippe NOUGAYREDE et Yohan DAVIT

Composition du jury

• Mme Laurence MATHIEU, Rapporteure, Université de Lorraine
• M. Florent MALLOGGI, Rapporteur, CEA Paris Saclay
• M. Moez RHIMI, Rapporteur, INRAE Paris Sacley
• Mme Muriel MERCIER-BONIN, Examinatrice, INRAE de Toulouse
• M. Jean-Philippe NOUGAYREDE, Directeur de thèse, INRAE de Toulouse
• M. Yohan DAVIT, Co-directeur de thèse, CNRS Occitanie Ouest

Membres invités

• M. Matthieu Bergé, CNRS